Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Ninh Bình là cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh thực hiện chức năng tham mưu, giúp Uỷ  ban nhân dân tỉnh quản lý nhà nước về: nông nghiệp; lâm nghiệp; diêm nghiệp; thuỷ sản; thuỷ lợi; phát triển nông thôn; phòng, chống thiên tai; chất lượng an toàn thực phẩm đối với nông sản, lâm sản, thuỷ sản và muối; về các dịch vụ công thuộc ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn theo quy định pháp luật và theo phân công hoặc uỷ  quyền của Uỷ ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh.

  TỔ CHỨC BỘ MÁY VÀ BIÊN CHẾ

1. Về tổ chức Bộ máy

+ Các phòng thuộc Sở: 6 phòng gồm
- Văn phòng Sở;
- Thanh tra Sở;
- Phòng Kế hoạch-Tài chính;
- Phòng Tổ chức-Cán bộ;
- Phòng Quản lý xây dựng công trình;
- Phòng Nghiệp vụ -Tổng hợp.

+ Các chi cục thuộc sở : 7 Chi cục gồm
- Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật:
- Chi cục Chăn nuôi và Thú y:
- Chi cục Kiểm lâm:
- Chi cục Thủy lợi:
- Chi cục Thủy sản:
- Chi cục Phát triển nông thôn:
- Chi cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và Thuỷ sản:
 

+ Các đơn vị sự nghiệp công lập: 05 đơn vị gồm: 
- Trung tâm Khuyến nông, khuyến lâm, khuyến ngư;
- Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn;
- Trung tâm Nông nghiệp công nghệ cao và Xúc tiến thương mại nông nghiệp;
- Ban Quản lý Công viên động vật hoang dã Quốc gia tại tỉnh Ninh Bình;

- Trung tâm Tư vấn xây dựng nông nghiệp & PTNT (đơn vị tự trang trải);