+ Các chi cục thuộc sở :
- Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật.
- Chi cục Chăn nuôi và Thú y
- Chi cục Kiểm lâm.
- Chi cục Thủy lợi
- Chi cục Thủy sản
- Chi cục Phát triển nông thôn
- Chi cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và Thuỷ sản
+ Các đơn vị sự nghiệp công lập: - Trung tâm Khuyến nông, khuyến lâm, khuyến ngư. - Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn. - Trung tâm Nông nghiệp công nghệ cao và Xúc tiến thương mại nông nghiệp. - Ban Quản lý Công viên động vật hoang dã Quốc gia tại tỉnh Ninh Bình.
- Trung tâm Tư vấn xây dựng nông nghiệp & PTNT (đơn vị tự trang trải);